Sus precedentes más remotos se encuentran en el Colegio de Pilotos Vizcaínos de Cádiz, al que los Reyes Católicos otorgan el 18 de Marzo de 1500 la confirmación de privilegios y dan carta de Real Cédula a sus Ordenanzas.

Entre 1804 y 1846 existen dos centros diferentes: la tradicional Escuela Departamental de Pilotos de la Armada, y la Escuela de Náutica dentro de la Academia de Matemáticas y Comercio del Consulado de Cádiz.

A partir de 1846 al delimitarse más claramente las competencias de los marinos civiles y militares, desaparece la Escuela departamental de Cádiz, aunque la Armada seguirá con la atribución de los exámenes.

En 1852 la Escuela se integra en un centro mayor: la Escuela de Industria y de Comercio. Este centro politécnico englobaba, junto con los estudios de Ciencias Náuticas, los de Química, Mecánica y Peritos Mercantiles.

En febrero de 1924 un decreto del directorio militar integraba las enseñanzas de la Marina mercante y entre ellas las escuelas de náutica en la dirección general de navegación y pesca marítima en el mes de junio se promulgó otro real decreto sobre la organización de las enseñanzas de Náutica que implicaba la reducción del número de centros.

En 1924 se suprimen todas las escuelas existentes e España y se crean 4 centros oficiales de náuticas en Bilbao, Cádiz, Barcelona y Santa Cruz de Tenerife, con el nombre de Escuela Oficial de Náutica de…

En 1975, la carrera de Náutica pasó al rango de Enseñanza Superior y en 1994, los centros quedaron integrados en las respectivas Universidades. En concreto la Escuela de Cádiz pasa a integrarse orgánicamente en la Junta de Andalucía a través de la Universidad de Cádiz en 1990, llamándose a partir de ese momento Facultad de Ciencias Náuticas.

A lo largo de la historia del centro se han producido cambios de nombre de la institución:

• Colegio de Pilotos Vizcaínos de Cádiz (desde 1500 hasta 1804)

• Escuela Departamental de Pilotos de la Armada y

• Escuela de Náutica (dentro de la Academia de Matemáticas y Comercio del Consulado de Cádiz) (1804 y 1846)

• Escuela de Industria y de Comercio (1852 a final del siglo XIX)

• Escuela Especial de Náutica de Cádiz

• Escuela Oficial de Náutica de Cádiz (De 1924 a 1978)

• Escuela Superior de la Marina civil (1978 a 1992)

• Facultad de Ciencias Náuticas  (1992 a 2006) y actualmente

• Escuela de Ingenierías Marina, Náutica y Radioelectrónica – EIMANAR